Pierwotna Klínova Bouda została założona już w 1676 roku w miejscu, gdzie podobno stała pierwotna chatka zbudowana przez robotników, którzy przenosili rudę ze Świętego Piotra do Dolnego Dworu, aby mieli gdzie schronić się przed złą pogodą. Południowa czterdziest hektarowa łąka powstała więc podobno w XVII wieku jako zaplecze gospodarcze dla kopalni srebra w Svatém Petrze.
W przeciwieństwie do równie wysoko położonych enklaw łąkowych, w Klínovkach nie były tylko letnie chaty, ale górale mieszkali tu przez cały rok. Dlatego od 1814 roku przyjeżdżał tu prywatny nauczyciel z pobliskich Rennerowych bud. Wymagane kwalifikacje nauczyciela spełniał wówczas również emerytowany żołnierz. Nauka odbywała się w różnych chatach, a ponadto przychodziły tu również dzieci z Rennerowek i wszystkich trzech enklaw Plánie. W 1903 roku gmina Volský Důl, do której należały wówczas Klínové boudy, zbudowała dla miejscowych dwudziestu ośmiu dzieci własną szkołę z jedną klasą.
Podczas rozkwitu turystyki pod koniec XIX wieku w każdej górskiej enklawie łąkowej co najmniej jedna chata została przekształcona w górską gospodę noclegową. W Klínových boudech potencjał turystyczny wykorzystali Hermann Buchberger i jego żona Wilhelmina. Pod koniec XIX wieku byli oni właścicielami dwóch najwyżej położonych chat przy szlaku turystycznym, z których górną przebudowali na znaną wkrótce chatę Klínová bouda. Tuż przy ich progu łączyły się szlaki z Pláně, Svatého Petra, Výrovky, Friesových i Rennerových bud.
W ciągu siedemdziesięciu lat działalności schronisko trzy razy spotkało nieszczęście. Po raz pierwszy spłonęło w 1912 roku. Rok później Buchbergerowie odbudowali je i od razu sprzedali braciom Bönschom z Luční boudy. Ci w 1926 roku mianowali zarządcą Johanna Brauna z Braunbergu, czyli Hnědého Vrchu w Peci. Oprócz gospodarstwa górskiego z trzema krowami i parą koni pociągowych, jego rodzina oferowała gościom zakwaterowanie, a przede wszystkim możliwość spędzenia czasu w stylowej gospodzie z muzyką na żywo i tańcami.
Po drugiej wojnie światowej, w maju 1945 r., powojenni partyzanci bez powodu zastrzelili gospodarza Brauna na oczach rodziny, tuż przed chatą. Następnie przez dwadzieścia pięć lat gospodarowały tu organizacje państwowe. Zimą 1970 r. chata spłonęła doszczętnie i przez długie czterdzieści lat Klínové boudy pozostawały bez odpowiedniego zastępstwa.
W 2003 roku prywatny właściciel nabył sąsiednią chatę znaną jako „Tesla” od firmy Tesla Hloubětín. W latach 2005–2010 chata została całkowicie odrestaurowana do obecnego stanu i otwarta dla publiczności pod nazwą „Nová Klínovka”.
W 2016 roku schronisko zostało zakupione przez firmę Infinmed s.r.o., która zamierzała przywrócić mu dawną świetność i odnowić wieloletnią tradycję tego pięknego schroniska górskiego, nadając mu nazwę „Bouda Klínovka”.